Il primo signore di Mollaro (in tedesco Mollart o Mollard) del quale si ha notizia è Giordano che il 5 gennaio 1231 era vassallo del conte di Appiano-Ultimo. Con ogni probabilità fu questi a costruire il palazzo che ancor oggi fa bella mostra di sé al confine sud-orientale del paese. Successivamente, fino alla prima metà del XIV secolo si hanno notizie piuttosto discontinue della nobile famiglia dei Mollaro e perlopiù si tratta soltanto di nomi.
Nel 1371 Giovanni di Mollaro è ricordato come nobile fra gli alleati di Pietro di Thun. Nel 1376 compare un Adelpreto del fu Arpolino e ancora Antonio, Paolo e Clara del fu Enrico, la cui moglie ― sorella di Bernardo d'Arsio ― una metà di Castel Tuenno. Nel 1382, il 18 marzo, Federico, figlio di Aincius di Mollaro, fu infeudato di Castel Tuenno. Nel 1407, dato che Castel Tuenno era stato distrutto, i signori Mollaro possedevano a Tuenno soltanto una casa, decime e altri terreni.
All’epoca delle lotte degli Sporo (intorno al 1420) i Mollaro parteggiarono per il duca Federico, di conseguenza Pietro di Sporo tolse loro parte dei beni, che riottennero però nel 1426.
La famiglia espresse numerosi personaggi tra i quali Daniele che nel 1440 era «sindico delle ville di Molaro e Tuyeno (Tuenetto)» ed è noto per aver interceduto presso il principe vescovo affinché rivedesse le decime dei due villaggi.
Nel 1550 Pietro del fu Antonio fu Amtsverwalter (Amministratore) a Bolzano e nel 1561 diventò Oberst-Stallmeister (Grande scudiero) sempre nella stessa città.
Nel 1545 troviamo un certo Nicolò Mollaro Zeugmeister (Intendente all'arsenale) a Trento dove morì nel 1563. Ernesto di Mollaro nel 1573 fu alla Dieta, nel 1576 si trovava a Ratisbona proprietario del feudo pignoratizio di Castel Regino (Reinegg) nel Sarentino. Sempre Ernesto nel 1613 fu Statthalter (Luogotenente) a Trento e nel 1619 compare nuovamente alla Dieta Tirolese.
Pietro di Mollaro, dottore in giurisprudenza nel 1580 si trovò a corte a Innsbruck dove ricoprì diversi incarichi di funzionario, amministratore e camerlengo ed inoltre fu Cavaliere dell’Ordine Teutonico. Nel 1592 divenne barone con il predicato di von Reineck und Drosendorf. Francesco Ernesto si stabilì a Vienna, dove la famiglia si estinse con Ferdinando Conte von Mollard zu Reinegg und Drosendorf.
Ancora oggi a Vienna esiste la «Mollardgasse», la strada che porta il nome della famiglia.

Nel 1600 i Mollaro cedettero la proprietà ai Crivelli che in seguito saranno conti, il cui stemma fa ancora bella mostra sul portale. La nobile famiglia dei Crivelli, originaria di Castel Tesino in Valsugana, si estinse agli inizi dell'800 e il Castel Mollaro passò alla famiglia Conci in seguito nobilitata con il titolo di von Mollarburge e il cui stemma si trova, molto deteriorato, nella chiesa di Mollaro sul retro del dipinto Carolus Concius decoravit 1720.

Lo stemma della famiglia Mollaro, in campo azzurro un levriero d'argento con collare d'oro, sotto tre stelle pure d'oro a sei raggi, poste in fascia. Il Cimiero, levriero con collare d'oro, seduto. Svolazzi in azzurro e argento e azzurro e oro. Le tre stelle d'oro Pietro di Mollaro le aveva avute come miglioramento dello stemma.

Negli anni del dopoguerra nel castello di Mollaro si insediò la Paravinil una società produttrice di articoli in plastica tra cui il famoso pallone Superflex Paravinil.
Attualmente la proprietà del palazzo è della famiglia Manzoni di Milano.